Putra Mahkota Akishino mewakili Kaisar Naruhito dalam misa peringatan untuk Paus Fransiskus pada hari Minggu di Katedral St. Mary di Distrik Bunkyo, Tokyo. Misa yang diselenggarakan oleh Apostolik Nunsiat Jepang ini dihadiri oleh sekitar 1.000 orang, termasuk Duta Besar Amerika Serikat untuk Jepang, George Glass. Sebuah potret Paus Fransiskus, yang meninggal pada usia 88 tahun, dipajang dengan jelas selama acara tersebut sebagai penghormatan atas jasa dan warisan beliau. Kaisar Naruhito dan Permaisuri Masako memberikan karangan bunga yang indah sebagai tanda penghormatan kepada Paus yang telah meninggal dunia, menunjukkan kedalaman rasa kehilangan mereka atas kehilangan tokoh besar tersebut.

Setelah misa selesai, Putra Mahkota Akishino menghormati Paus dengan meletakkan bunga anyelir putih di atas meja bunga dan membungkuk dengan penuh penghormatan, sebagai simbol penghargaan terakhir kepada Paus Fransiskus. Hubungan beliau dengan Paus Fransiskus dimulai pada tahun 2016, ketika beliau dan Permaisuri Kiko melakukan kunjungan kehormatan ke Roma dan bertemu dengan Paus di Vatikan. Pada pertemuan tersebut, mereka berdiskusi tentang hubungan antara Jepang dan Vatikan. Pada tahun 2019, Kaisar Naruhito juga mengadakan pertemuan yang penuh makna dengan Paus Fransiskus di Istana Kekaisaran Tokyo, yang memperkuat hubungan bilateral antara kedua pihak.

Pada hari meninggalnya Paus, Kaisar Naruhito dan Permaisuri Masako segera mengutus Koro Bessho, Kepala Kamar Kerajaan, untuk pergi ke Apostolik Nunsiat Jepang di Tokyo untuk menyampaikan ucapan belasungkawa mereka secara langsung. Selain itu, Kaisar juga mengirimkan telegram kepada Kardinal Kevin Farrell, pejabat Vatikan yang menangani urusan gereja, untuk menyampaikan belasungkawa dari dirinya, Permaisuri Masako, serta dari Kaisar Emeritus Akihito dan Permaisuri Emerita Michiko, yang juga merasa kehilangan atas meninggalnya Paus yang sangat dihormati di seluruh dunia.